カートページを別システムを利用している（別ドメイン・別サーバー）場合、ECシステムをサイト登録しタグ発行しておき、更にそのタグをカートシステム側に設置出来ればCVカウントは取る事は可能でしょうか？

異なるドメイン間のユーザー統合はセッションが維持出来ないため、CV計測取れません。